Os Esquadrões de Transporte Aéreo foram criados em 12 de maio de 1969, pela Portaria R012/GM3, com o objetivo de descentralizar as operações do Comando de Transporte Aéreo (COMTA) e realizar missões de transporte aeroterrestre, logístico, lançamento de cargas, evacuação aeromédica, humanitárias e de socorro a vítimas em casos de desastres naturais, atuando subordinados diretamente a cada Comando de Zona Aérea (COMZAE) onde estavam baseados. A partir de 1986, as Zonas Aéreas foram redenominadas Comandos Aéreos Regionais (COMAR).

Sediado na Base Aérea de São Paulo, na cidade de São Paulo, junto ao Aeroporto Internacional de Guarulhos, o Quarto Esquadrão de Transporte Aéreo (4º ETA), o Esquadrão Carajá, está subordinado diretamente ao IV COMAR, atuando nas regiões Sudeste e Centro-Oeste do Brasil, compreendendo os estados de São Paulo e Mato Grosso do Sul. No início, utilizava as instalações da extinta Seção de Aviões do QG da 4º Zona Aérea no Campo de Marte, na cidade de São Paulo, sendo transferido no dia 1º de setembro de 1971 para a Base Aérea de São Paulo.

O Esquadrão Carajá realiza missões de transporte de cargas, lançamento de paraquedistas, missões de apoio ao Exército Brasileiro, Marinha do Brasil, Polícia Rodoviária e Polícia Federal, além de missões de transporte de enfermos e transporte de órgãos para transplante. Devido a sua localização próxima ao Aeroporto Internacional de Guarulhos, o 4º ETA necessita deslocar-se para cidades do interior paulista com o objetivo de realizar treinamentos para manutenção e elevação operacional dos seus pilotos. Nesses deslocamentos são realizadas missões de navegação a baixa altura, lançamento de carga, lançamento de paraquedistas e voo em formação.

O Esquadrão Carajá recebeu seus primeiros Bandeirantes do modelo C-95 em meados dos anos 80, para substituir os veteranos Douglas C-47 Dakota. No final dos anos 90 chegaram os C-95A, substituídos em 2009 pelos C-95B, mais modernos. Os primeiros C-97 Brasília, também fabricados pela Embraer, chegaram em 2008. Em 2010 recebeu um SC-95B Bandeirante anteriormente operado pelo Esquadrão Pelicano.

O Embraer C-95B Bandeirante está equipado com duas turbinas Pratt & Whitney PT-6A-34 com 750 shp cada, tem velocidade máxima de 452 km/h e autonomia de 1.900 km, peso vazio de 3.400 kg e peso máximo de decolagem de 5.600 kg. O comprimento é de 15,33 metros e a envergadura de 14,22 metros, não carregando nenhum tipo de armamento.

O Embraer C-97 Brasília está equipado com duas turbinas Pratt & Whitney PW-118 com 1.850 shp cada, tem velocidade máxima de 556 km/h e autonomia de 1.750 km com 30 passageiros, peso vazio de 7.580 kg e peso máximo de decolagem de 11.500 kg. O comprimento é de 20,02 metros e a envergadura de 19,78 metros, não carregando nenhum tipo de armamento.

O nome Carajá foi adotado a partir de agosto de 1982, originado do importante grupo indígena que habita a Região Centro-Oeste brasileira, não só procurando homenagear os combativos indígenas, como também buscar nas virtudes daqueles silvícolas o incentivo para a dedicação de seus homens nas missões que realizam.