O Esquadrão Escorpião tem suas origens no Sétimo Esquadrão de Transporte Aéreo, sediado na Base Aérea de Manaus. No dia 25 de setembro de 1984, o 7º ETA ativou a Primeira Esquadrilha do Sétimo ETA na Base Aérea de Boa Vista, em Roraima, subordinada ao Sétimo Comando Aéreo Regional. Desde o início de suas atividades, a 1ª/7º ETA operou aeronaves C-95B, C-98 e U-7A, cumprindo missões de transporte para as Unidades do Exército Brasileiro sediadas na Região Norte, além de apoiar as atividades da Funai, Ministério da Saúde e Polícia Federal, entre outros órgãos governamentais.

No dia 18 de maio de 1995, realizou-se na Base Aérea de Boa Vista a solenidade militar de ativação do Núcleo do Primeiro Esquadrão do Terceiro Grupo de Aviação, subordinado ao comandante da Terceira Força Aérea e equipado apenas com as aeronaves de ataque Embraer AT-27 Tucano. No dia 28 de setembro de 1995, foi criado oficialmente o Primeiro Esquadrão do Terceiro Grupo de Aviação. A nova Unidade, batizada como Esquadrão Escorpião, surgiu para realizar missões de interceptação, ataque, patrulha de combate, superioridade aérea, reconhecimento, interdição, controle aéreo avançado e operações especiais, além de formar novos Líderes de Esquadrilha para a Aviação de Caça.

Entre tantas missões realizadas pelo Esquadrão Escorpião, a mais importante é a vigilância e o patrulhamento aéreo da região Amazônica e das fronteiras norte e oeste do Brasil, sendo responsável pela manutenção da soberania brasileira na região, como um dos braços armados do COMDABRA - Comando de Defesa Aeroespacial Brasileiro.

E assim como os Esquadrões Grifo e o Flecha, que completam o Terceiro Grupo, o Esquadrão Escorpião também utilizou os T-27 Tucano em sua versão de ataque ao solo AT-27, mas essas aeronaves foram substituídas pelos Embraer A-29A e A-29B Super Tucano, bem mais avançados e com maior capacidade e alcance. Para auxiliar em suas missões na Amazônia, o Esquadrão Escorpião atua em conjunto com os Embraer E-99 do Esquadrão Guardião, equipados com radares para alerta aéreo antecipado.