Os Esquadrões de Transporte Aéreo foram criados em 12 de maio de 1969, pela Portaria R012/GM3, com o objetivo de descentralizar as operações do Comando de Transporte Aéreo (COMTA) e realizar missões de transporte aeroterrestre, logístico, lançamento de cargas, evacuação aeromédica, humanitárias e de socorro a vítimas em casos de desastres naturais, atuando subordinados diretamente a cada Comando de Zona Aérea (COMZAE) onde estavam baseados. A partir de 1986, as Zonas Aéreas foram redenominadas Comandos Aéreos Regionais (COMAR).

Sediado na Base Aérea de Canoas, no Rio Grande do Sul, o Quinto Esquadrão de Transporte Aéreo (5º ETA), o Esquadrão Pégaso, está subordinado diretamente ao V COMAR, realizando suas missões na Região Sul do Brasil, compreendendo os estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina e Paraná.

As primeiras aeronaves do 5º ETA, os Beechcraft TC-45T, operaram até a chegada dos Embraer C-95 Bandeirante, em 11 de março de 1975. Os Douglas C-47 Dakota foram desativados em dezembro de 1977, substituídos pelo Embraer C-95A Bandeirante. Os Embraer C-97 Brasília começaram a ser recebidos em meados de 2008. Em 2009 chegaram os primeiros Cessna C-98A Grand Caravan, com aviônicos mais modernos.

O Embraer C-95A Bandeirante está equipado com duas turbinas Pratt & Whitney PT-6A-34 com 750 shp cada, tem velocidade máxima de 452 km/h e autonomia de 1.900 km, peso vazio de 3.400 kg e peso máximo de decolagem de 5.600 kg. O comprimento é de 15,33 metros e a envergadura de 14,22 metros, não carregando nenhum tipo de armamento. Em 2010 o Esquadrão Pégaso começou a receber os Bandeirantes da versão B, inclusive o SC-95B FAB-6546, anteriormente utilizado pelo Esquadrão Pelicano em missões SAR.

O Embraer C-97 Brasília está equipado com duas turbinas Pratt & Whitney PW-118 com 1.850 shp cada, tem velocidade máxima de 556 km/h e autonomia de 1.750 km com 30 passageiros, peso vazio de 7.580 kg e peso máximo de decolagem de 11.500 kg. O comprimento é de 20,02 metros e a envergadura de 19,78 metros, não carregando nenhum tipo de armamento.

O Cessna C-98A Grand Caravan está equipado com uma turbina Pratt & Whitney PT-6A-114, tem velocidade máxima de 341 km/h e autonomia de 2.000 km, peso vazio de 1.748 kg e peso máximo de decolagem de 3.630 kg. O comprimento é de 10,72 metros e a envergadura de 15,88 metros, não carregando nenhum tipo de armamento. No dia 02 de agosto de 2011, o C-98A FAB-2735 do Esquadrão Pégaso foi perdido em acidente na cidade de Bom Jardim da Serra, em Santa Catarina, sendo provisoriamente substituído pelo FAB-2741.

O símbolo do 5º ETA é o Pégaso, o cavalo alado da mitologia grega. O seu lema é "Quando a espada é curta, dá-se um passo a mais".