Os Esquadrões de Transporte Aéreo foram criados em 12 de maio de 1969, pela Portaria R012/GM3, com o objetivo de descentralizar as operações do Comando de Transporte Aéreo (COMTA) e realizar missões de transporte aeroterrestre, logístico, lançamento de cargas, evacuação aeromédica, humanitárias e de socorro a vítimas em casos de desastres naturais, atuando subordinados diretamente a cada Comando de Zona Aérea (COMZAE) onde estavam baseados. A partir de 1986, as Zonas Aéreas foram redenominadas Comandos Aéreos Regionais (COMAR).

Sediado na Base Aérea do Galeão, na cidade do Rio de Janeiro, o Terceiro Esquadrão de Transporte Aéreo (3º ETA), o Esquadrão Pioneiro, está subordinado diretamente ao III COMAR, realizando suas missões na Região Sudeste do Brasil, compreendendo os estados do Rio de Janeiro, Espírito Santo e Minas Gerais.

O Esquadrão Pioneiro começou a receber os Embraer C-95 Bandeirante no dia 09 de fevereiro de 1973, sendo a primeira Unidade da FAB a operar o tipo. Os Douglas C-47 Dakota continuaram operando até 04 de maio de 1976. Os Embraer C-95B Bandeirante, mais modernos, com novos equipamentos e com maior capacidade, chegaram em 1986 e substituíram os C-95 em janeiro de 1996. Em 14 de julho de 1998 chegaram os primeiros Embraer C-97 Brasília, compondo o seu efetivo atual.

O Embraer C-95B Bandeirante está equipado com duas turbinas Pratt & Whitney PT-6A-34 com 750 shp cada, tem velocidade máxima de 452 km/h e autonomia de 1.900 km, peso vazio de 3.400 kg e peso máximo de decolagem de 5.600 kg. O comprimento é de 15,33 metros e a envergadura de 14,22 metros, não carregando nenhum tipo de armamento.

O Embraer C-97 Brasília está equipado com duas turbinas Pratt & Whitney PW-118 com 1.850 shp cada, tem velocidade máxima de 556 km/h e autonomia de 1.750 km com 30 passageiros, peso vazio de 7.580 kg e peso máximo de decolagem de 11.500 kg. O comprimento é de 20,02 metros e a envergadura de 19,78 metros, não carregando nenhum tipo de armamento.