Os Esquadrões de Transporte Aéreo foram criados em 12 de maio de 1969, pela Portaria R012/GM3, com o objetivo de descentralizar as operações do Comando de Transporte Aéreo (COMTA) e realizar missões de transporte aeroterrestre, logístico, lançamento de cargas, evacuação aeromédica, humanitárias e de socorro a vítimas em casos de desastres naturais, atuando subordinados diretamente a cada Comando de Zona Aérea (COMZAE)onde estavam baseados. A partir de 1986, as Zonas Aéreas foram redenominadas Comandos Aéreos Regionais (COMAR).

Sediado na Base Aérea de São Paulo - SP, junto ao Aeroporto Internacional de Guarulhos, o Quarto Esquadrão de Transporte Aéreo (4º ETA), o Esquadrão Carajá, está subordinado diretamente ao IV COMAR, atuando nas Regiões Sudeste e Centro-Oeste do Brasil, compreendendo os Estados de São Paulo e Mato Grosso do Sul. No início, utilizava as instalações da extinta Seção de Aviões do QG da 4º Zona Aérea no Campo de Marte, na cidade de São Paulo, sendo transferido no dia 1º de setembro de 1971 para a Base Aérea de São Paulo.

O Esquadrão Carajá realiza missões de transporte de cargas, lançamento de pára-quedistas, missões de apoio ao Exército Brasileiro, Marinha do Brasil, Polícia Rodoviária e Polícia Federal, além de missões de transporte de enfermos e transporte de órgãos para transplante.

Devido à sua localização próxima ao Aeroporto Internacional de Guarulhos, o 4º ETA necessita deslocar-se para cidades do interior paulista com o objetivo de realizar treinamentos para manutenção e elevação operacional dos seus pilotos. Nesses deslocamentos são realizadas missões de navegação à baixa altura, lançamento de carga, lançamento de pára-quedistas e vôo em formação.

O Esquadrão Carajá recebeu seus primeiros Bandeirantes do modelo C-95 em meados dos anos 80, para substituir os veteranos Douglas C-47 Dakota. Atualmente, utiliza também os Bandeirantes do modelo C-95A.