Os Esquadrões de Transporte Aéreo foram criados em 12 de maio de 1969, pela Portaria R012/GM3, com o objetivo de descentralizar as operações do Comando de Transporte Aéreo (COMTA) e realizar missões de transporte aeroterrestre, logístico, lançamento de cargas, evacuação aeromédica, humanitárias e de socorro a vítimas em casos de desastres naturais, atuando subordinados diretamente a cada Comando de Zona Aérea (COMZAE)onde estavam baseados. A partir de 1986, as Zonas Aéreas foram redenominadas Comandos Aéreos Regionais (COMAR).

Sediado na Base Aérea de Brasília - DF, o Sexto Esquadrão de Transporte Aéreo (6º ETA), o Esquadrão Guará, está subordinado diretamente ao VI COMAR, realizando suas missões na Região Centro-Oeste do Brasil, compreendendo os Estados de Goiás, Mato Grosso, Tocantins e o Distrito Federal.

Além das missões normais dos ETAs, o Esquadrão Guará realiza missões de transporte de autoridades, em parceria com o GTE, estando subordinado operacionalmente ao Gabinete do Ministro da Aeronáutica.

Quando foi criado, o Esquadrão Guará utilizava os Beechcraft U-45T, Douglas C-47 Dakota e Neiva U-42 Regente, recebendo logo após os Beechcraft C-8 Queen Air, utilizados até 1973. Os Embraer U-7 Seneca foram usados entre 1977 e 1993. Os Embraer C-95 Bandeirante chegaram em 1973, sendo substituídos posteriormente pelos C-95C, bem mais modernos e eficientes. Os Embraer VU-9 Xingu, recebidos em 1978 foram elevados para o padrão Xingu II em 1983 e os Embraer VC-97 Brasília chegaram em 1988.