Os Esquadrões de Transporte Aéreo foram criados em 12 de maio de 1969, pela Portaria R012/GM3, com o objetivo de descentralizar as operações do Comando de Transporte Aéreo (COMTA) e realizar missões de transporte aeroterrestre, logístico, lançamento de cargas, evacuação aeromédica, humanitárias e de socorro a vítimas em casos de desastres naturais, atuando subordinados diretamente a cada Comando de Zona Aérea (COMZAE)onde estavam baseados. A partir de 1986, as Zonas Aéreas foram redenominadas Comandos Aéreos Regionais (COMAR).

Sediado na Base Aérea de Recife - PE, o Segundo Esquadrão de Transporte Aéreo (2º ETA), o Esquadrão Pastor, está subordinado diretamente ao II COMAR, realizando suas missões na Região Nordeste do Brasil, compreendendo os Estados do Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Paraíba, Pernambuco, Alagoas, Sergipe, Bahia e o Território de Fernando de Noronha.

Com a retirada de serviço dos Douglas C-47 Dakota em 1975, o Esquadrão Pastor começou a receber os Embraer C-95 Bandeirante. Os modelos C-95A, mais modernos e com novos equipamentos, chegaram em meados dos anos 80, compondo o seu efetivo atual.

O símbolo do 2º ETA é o cachorro-piloto Mutley, personagem de desenhos animados da TV, por simbolizar a fidelidade, a tenacidade, a coragem e a perseverança em cumprir as suas missões. O seu lema é "Dois é bom".