Os Esquadrões de Transporte Aéreo foram criados em 12 de maio de 1969, pela Portaria R012/GM3, com o objetivo de descentralizar as operações do Comando de Transporte Aéreo (COMTA) e realizar missões de transporte aeroterrestre, logístico, lançamento de cargas, evacuação aeromédica, humanitárias e de socorro a vítimas em casos de desastres naturais, atuando subordinados diretamente a cada Comando de Zona Aérea (COMZAE)onde estavam baseados. A partir de 1986, as Zonas Aéreas foram redenominadas Comandos Aéreos Regionais (COMAR).

Sediado na Base Aérea de Canoas - RS, o Quinto Esquadrão de Transporte Aéreo (5º ETA), o Esquadrão Pégaso, está subordinado diretamente ao V COMAR, realizando suas missões na Região Sul do Brasil, compreendendo os Estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina e Paraná.

Os Beechcraft TC-45T operaram no 5º ETA até a chegada dos Embraer C-95 Bandeirante, em 11 de março de 1975. Os Douglas C-47 Dakota foram desativados em dezembro de 1977, substituídos pelo Embraer C-95A Bandeirante, atualmente em uso. Os Embraer C-97 Brasília começaram a ser recebidos em meados de 2008.

O Embraer C-97 Brasília está equipado com duas turbinas Pratt & Whitney PW-118 com 1.850 shp cada, tem velocidade máxima de 556 km/h e autonomia de 1.750 km com 30 passageiros, peso vazio de 7.580 kg e peso máximo de decolagem de 11.500 kg. O comprimento é de 20,02 metros e a envergadura de 19,78 metros, não carregando nenhum tipo de armamento.